為適應環(huán)保的要求，只用目前常規(guī)配置的旋風分離器分離產(chǎn)品、凈化尾氣是不夠的，還可以加用袋式除塵器凈化，使尾氣含塵量低于50毫克/立方納米氣體即可達標；或選用濕式洗滌器，將尾氣含塵量降到15～35毫克/立方納米氣體。小型噴霧干燥機采用氮氣做載體時，系統(tǒng)要注意密閉，排氣口要引到室外。

某些藥品的**性對噴霧干燥設備的保護設計也會提出更高的要求。用有機溶劑溶解的物料，在干燥時要求整個系統(tǒng)必須滿足防爆要求，同時在電機、儀表、控制閥等配件設計時都要選擇防爆型。另外，為防止溶劑和空氣混合為爆炸氣體，系統(tǒng)必須采用密閉循環(huán)系統(tǒng)，載體要選用惰性氣體，如氮氣等。除此之外，一些易氧化物料的干燥，也要采用以氮氣為載體的密閉循環(huán)系統(tǒng)。
噴霧干燥的產(chǎn)品為細粒子，容易形成粉塵。
提高熱利用率是當務之急熱空氣進口溫度在并流操作時為250℃～500℃，逆流操作時為200℃～300℃，霧化干燥后出口溫度一般控制在60℃～100℃，其熱利用率較低，這也是噴霧干燥的不足之處。
目前國內(nèi)工業(yè)規(guī)模的噴霧干燥機，熱效率一般為30%～50%。國外帶有廢熱回收的噴霧干燥機，熱效率可達到70%，但該設備只有在生產(chǎn)能力大于100千克（水）/小時才有經(jīng)濟意義。不過，在用到氮氣載體和有機溶劑時，采用密閉循環(huán)系統(tǒng)，可使氮氣循環(huán)使用，溶劑冷凝套用，從而可有效地降低了生產(chǎn)成本。
但總的來說，噴霧干燥使用過程中的成本問題還需要設備設計和生產(chǎn)者進一步研究，以找到更好的降低成本的對策。